Als Stadt ist Battambang nicht besonders alt, obwohl es Beweise dafür gibt, dass die Gegend seit über 1000 Jahren bewohnt ist. Sie wurde irgendwann im 18. Jahrhundert als wichtige Handelsstadt gegründet. 1795 annektierte Thailand einen Großteil des nordwestlichen Kambodschas, einschließlich der Provinzen Battambang und Siem Reap. Die thailändische Herrschaft dauerte bis 1907, als die Provinz an die Franzosen abgetreten wurde, um Teil ihrer Kolonie Indochina zu sein. Ein Großteil der Architektur, die heute noch im Stadtzentrum zu sehen ist, stammt aus der ersten Hälfte des zwanzigsten Jahrhunderts. Die Entwicklung wurde durch den Zweiten Weltkrieg gestoppt, als Battambang wieder unter thailändische Verwaltung fiel, aber nach der Unabhängigkeit 1953 ging es schnell weiter.
Battambang hatte unter den Roten Khmer genauso zu leiden wie der Rest des Landes - die Stadt wurde evakuiert und die Bevölkerung auf das Land gebracht, wo viele Menschen starben. Die Stadt wurde eine Woche nach dem Fall von Phnom Penh am 13. Januar 1979 von den Vietnamesen befreit, aber die Roten Khmer kämpften im Nordwesten der Provinz weiter und stellten die Kämpfe erst 1996 ein. Während dieser Zeit war die Stadt für die meisten Besucher tabu, da sie im Krieg gegen die Roten Khmer an vorderster Front stand. In der Regel drängten die Regierungstruppen die Roten Khmer in der Trockenzeit nach Pailin zurück, um dann mit dem Monsunregen den größten Teil ihrer Gewinne wieder abzugeben.
Nach 1996 herrschte in Battambang zum ersten Mal seit Jahrzehnten Frieden und es gab ein gewisses Wachstum. Doch erst seit kurzem kommen Touristen in großer Zahl in die Stadt - die meisten Minenfelder sind inzwischen geräumt und die Hauptstraßen wurden saniert.
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